Suite à l'accord du Conseil des Bailleurs du CEPF en 2012 pour le développement du profil d'écosystème du hotspot de Madagascar et des îles de l'océan Indien, la stratégie d'investissement fut préparée de juin 2013 à janvier 2014, sous la responsabilité de Conservation International à Madagascar, avec des apports spécifiques du Moore Center for Science and Oceans pour l’analyse des services écosystémiques, et le bureau d’études Biotope pour les États insulaires.
Pendant 2021 et 2022, ce profil d'écosystème a été mis à jour, afin que son contenu reflète les réalités en perpétuelle évolution. La considération du changement climatique, notamment de l’adaptation au changement climatique est au centre de cette mise à jour, considérant le poids de cette problématique face aux menaces de perte des écosystèmes et des extinctions des espèces. Les directions stratégiques du CEPF ressortant du profil à jour, mettent à disposition des informations nécessaires à la priorisation des investissements dans le cadre du programme du FVC. L'amélioration de la résilience climatique des communautés locales y trouve comme ancrage les actions d'adaptation fondées sur les écosystèmes (AfE) dans les zones d’investissement du CEPF, là où la société civile peut apporter des valeurs ajoutées aux investissements dans la conservation de la biodiversité. Pour ce faire, les capacités des organisations de la société civile seront utilisées et mises à profit par le CEPF, dans la mise en œuvre des AfE dans l'Union des Comores, la République de Madagascar, la République de Maurice et la République des Seychelles.
